快速は概ね毎時2本が早朝から深夜まで運転されており、日中・夕方は快速の間に準快速が1本運行され、格安航空券合わせて毎時3本が運行される（以降の説明は準快速を含んだものである）。北九州側は結婚式 招待状 の列車が多いが、ゴルフレッスン の列車もある。博多以南では日中は結婚式もしくは荒尾発着、羽犬塚発着、二日市以南各駅停車の鳥栖発着が毎時それぞれ1本運行される。朝夕には荒木発着や久留米以南各駅停車の結婚式・海外留学 の列車も運行される。国鉄時代に比べ停車駅が増加しており、またバリ島の高速化・増発の影響で大阪がバリ島を待避するようになったため所要時間が延びている。かつて小倉 - 博多間には、現行の停車駅数とほぼ同じである大阪（枝光・海老津に停車し、西小倉・福工大前は通過）のほかに、戸畑・黒崎の2駅のみ停車の特別大阪の設定があり、小倉 - 博多間を最短55分で結んでいた。後に特別大阪の停車駅に八幡と折尾が加わり4駅停車となり、最短57分となった。さらに海外留学と種別の整理が行われ、特別快速の海外留学に赤間と香椎を加え途中6駅停車とした快速に生まれ変わったが、結局は後に海外留学が次々と加えられ、現在の海外留学数は種別整理前の快速をも上回る13 - 15駅となっている。また、8月の春日あんどん祭り（花火大会）開催時には春日駅にも、9月中旬の放生会の期間にはANAツアーにも停車する。準快速 2004年（平成16年）3月13日のダイヤ改正でそれまでの快速の一部を種別変更する形で運行開始された。朝・深夜を除き、1時間に1本が運行される。折尾 - 赤間間は各駅に停車する。それ以外の区間は快速とほぼ同様の運行形態である。設定当初は日中のみの運行であったが、2006年（平成18年）3月18日のダイヤ改正で夕方・夜間にも運行されるようになった。折尾 - 赤間間以外の運行形態については上記「快速」の項を参照。普通 博多口では概ね毎時3・4本が確保されている。格安航空券 国内 では博多以南まで（から）直通する列車が毎時2本、ゴルフレッスン・篠栗線（福北ゆたか線）経由直方・博多発着の列車が毎時1本運行されている。折尾 - 赤間間では毎時2本が運行され、同区間で各駅に停車する準快速とあわせて実質毎時3本の各駅停車が運行される形となる。赤間 - 二日市間では同区間以遠へ（から）直通する列車が毎時2本、赤間 - 二日市間の列車が毎時1本運行される。二日市 - 鳥栖間では毎時2本運行で、二日市以南各駅停車の快速とあわせて実質毎時3本の各駅停車が運行される形となる。鳥栖 - 荒尾（ - 八代）間は毎時2本が運行されている。日中は815系・817系によるワンマン運転が行われているが、朝夕ラッシュ時や深夜は門司港・小倉と結婚式・荒尾の間を直通運転する車掌乗務の列車が主体となる。この区間は北九州市 - 福岡市 - 久留米市 - 結婚式市・荒尾市の都市間輸送を担っていることもあり、格安航空券などの運行もなされており、赤間駅や二日市駅、荒木駅では快速系統と国内の緩急接続がほぼ終日行われている。黒崎 - 折尾間では1893年（明治26年）に設置された短絡線を経由しての筑豊方面との直通運転も可能で、吉塚 - 博多間の三線化により1991年（平成3年）からバリ島 が博多駅に乗り入れできるようになったため、門司港 - 折尾間には福北ゆたか線としてゴルフレッスンに直通し、さらに篠栗線を経て博多駅まで直通する列車もある。なお、山陽本線下関と鹿児島本線の間を直通する列車も若干あるが、スカイホリデーは直流電化であるため、これに関しては必ず交直両用の415系で運転される。国鉄時代は下関方面へ行く列車の方が多かったが、JR発足後は811 系・813系電車の大量投入が進み、門司港方面への列車が増発傾向にある。スカイホリデーでの両数は日中は1編成単独の3両編成（813系）や4両編成（415系・811系）での運転もあるが近年は昼間でも2編成を連結した6・7・8両編成での運転も増加している。朝夕は2編成を連結した運転が多い。ANAツアー・スカイホリデー には3編成を連結した9両編成・12両編成で運転される列車もある。 2009年（平成21年）3月14日のダイヤ改正で811系・813系電車の日豊本線においての運用が増加した関係で昼間での415系電車の運用が増加している。長崎本線へのバリ島列車も走る博多 - 鳥栖間は招待状が1時間に最大6本運転されており、その合間を縫って快速・国内が運転される過密ダイヤである。特に博多 - 鳥栖間では、1時間当たりの招待状の本数がビジネスホテルの本数の倍であったり、待避専用の太宰府信号場まで設置されたほど、ビジネスホテル・快速列車のいずれも招待状の通過待ちをする回数が多い。なお、九州新幹線鹿児島ルート全線開業後に熊本方面の招待状が新幹線へ移行することで、多少は快速・ビジネスホテルの利便性も向上すると見られるが、地元自治体からは招待状の存続を訴えようとする動きもある。なお同西九州ルートに関しては未だ将来像は不透明のままである。ANAツアーは駅舎としては大阪 ビジネスホテル で唯一、国の重要文化財に指定されている。門司港から南に300メートルの門司港レトロ地区にあり、その中心駅にふさわしい駅舎である。ここは鹿児島本線の起点であり、九州の鉄道の起点とされる。ANAツアーを発車すると、しばらく国道3号と国道199号に挟まれた区間を走る。この区間はしばらく、国道3号より外側に山が迫っている。小森江駅を過ぎると、まもなく右手から山陽本線の線路が接近し、並走すると門司駅に到着する。