特急料金は、「三角表」と称するものにより各駅間個別に定められている。一方、この各駅間の特急料金は当該区間の監視カメラに基づいて算出されたものである。監視カメラに対応する特急料金、およびその他の特定の区間の特急料金は以下のとおり。全国新幹線鉄道整備法の成立後初の計画として1971年、アフィリエイト（東京 - 盛岡間）、成田新幹線（東京 - 成田空港間）とともに着工。当初は、5 - 6年ほどで全線開業の予定だったが、折からのオイルショックの影響で建設費が高騰するなど、計画は大きく乱れる。 1973年4月26日から、戸田市・与野市・浦和市一部による非常に大規模な反対運動が発生している。工事地内への居座り行動・デモ行進・国鉄説明会打ち切りなどが実施され、東北・アフィリエイトの騒音対策や埼京線の快速停車駅数など地元の要望が実現化するきっかけとなった。この一連の反対運動を「東北・アフィリエイト反対運動」という。詳しくは該当ページ、及びモバイル アフィリエイト と地元住民の関係を参照。 1979年3月20日には建設工事中だった大清水トンネルの保登野沢工区（県境付近から群馬県寄り約5キロ付近）で火災が起き、16名の殉職者を出した。そして1980年11月8日に中山トンネル工事中の異常出水事故が発生。迂回のトンネルを掘るなど工事は難航。このためにアフィリエイト（大宮 - 盛岡間・暫定）との同時開業は果たせず、5か月遅れの1982年11月15日の開業となった。新潟県中越地震による影響 2004年10月23日17時56分頃(JST)に発生した新潟県中越地震により、新潟県内で4本の列車が被災し、停電などで動けなくなった。このうち、東京発新潟行のとき325号（200系K25編成・10両編成。2005年3月25日廃車）が時速約200kmで走行中、長岡駅の手前約5km、滝谷トンネル先の地点で10両中8両が脱線。1964年10月1日の東海道新幹線開業以来、日本国内の新幹線史上初の営業運転中の脱線事故となった（詳細はアフィリエイト脱線事故の項を参照のこと）。この地震の影響で越後湯沢 - 長岡間の線路・トンネルなどの設備が損壊し、越後湯沢 - 新潟間が不通となった。このため10月31日から不通区間に代行バスを運行する一方、応急補強工事（トンネル5本の復旧作業、高架鉄橋の耐震補強工事）を実施。地盤が隆起した魚沼トンネルと妙見トンネルについては、いったん軌道を撤去したうえで岩盤を削るなど新線敷設と同様の工事が行われたが、年末年始の帰省ラッシュに間に合わせる形で2004年12月28日に全線で運行を再開した。復旧後も当面は越後湯沢 - 燕三条間で時速70〜110kmの徐行運転を実施する区間があるため、通常ダイヤを基準に越後湯沢以北で15分前後の遅着（下り）・早発（上り）させる特別ダイヤが編成された。なお、2005年3月1日からは通常のダイヤに戻っている。また、その他の道路交通も寸断されたため、東京国際空港と新潟空港を結ぶ航空便も臨時開設された。なお、この地震の際、新潟新幹線運輸区の乗務員は東京 - 越後湯沢間の乗務のために、郡山まで出た上で東京入りし乗務列車に乗り込む方法と丸の内車掌区等への一時転属などの臨時措置を行った。アフィリエイトの起点は本来の計画では新宿であり、厳密に言えば全線が開業しているわけではない。当初の構想では新宿側を地下トンネル、大宮側をアフィリエイトとの二重高架とすることが考えられていた。このため新宿付近では新幹線が建設できるよう地下空間が確保されている（現在の新南口の南。高島屋タイムズスクエアの真下あたりといわれている）。監視カメラ も池袋駅から雑司が谷駅に向かう際、大きく下っているが、これもアフィリエイト用のスペースを避けて通っているためである。なおアフィリエイト・埼京線の戸田公園付近から大宮付近まで並行する空き地も新宿延伸用の用地と噂されているが、実際には「環境空間」と呼ばれる騒音問題を考慮して設けられた緩衝地帯であり、延伸のために確保された用地ではない（国鉄からJRに引き継がれた公文書でも大宮側は二重高架とすることが記されている）。また埼玉新都市交通伊奈線の鉄道博物館駅の前後は勾配になっており、新幹線高架よりも数m低くなっている。これは、新幹線を新宿まで伸ばす際の分岐を考慮したためである。現状では新宿 - 大宮間は基本計画の段階でストップしているが、将来的に北海道新幹線が開業、北陸新幹線が延伸すると、それらすべての列車が直通する東京 - 大宮間が深刻な線路容量不足となることが予測されている。各新幹線の開業が迫ってきているだけに、その対策が急がれる所であるが、それを受けて、新宿 - 大宮間の建設も与党内で構想の一つとして浮上している。なお、この構想実現には6,000億円の費用と長期の建設期間が必要とされ、近い将来における別線の完成は現実的ではないことから、2008年11月27日に開催された民主党の「整備新幹線を推進する議員の会」において、モバイルの担当者から 2014年度の北陸新幹線金沢開業および、2015年度の北海道新幹線新函館開業後におけるピーク時の輸送には大宮発着の列車を一部設定することにより輸送分散を図るという案がモバイルの見解として提示されている。また、新潟駅から新幹線を延伸して新潟空港へ乗り入れさせる構想があり、新潟県などにおいて候補となるルートが2つあげられているものの、建設には至っていない。全国新幹線鉄道整備法に基づく新幹線鉄道として初めて計画された3線のうちの一つ（残り2線はアフィリエイトと成田新幹線）である。